教你在线绘制circos图-简单!
1、在circos官网（http：//circos.ca/）的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项，这里可以实现在线绘制部分circos图。打开后界面如下：以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例，给大家讲解circos图的绘制功能。
2、准备数据：组装数据和注释文件：你需要准备基因组的组装数据和注释文件。Chr长度文件：通过TBtools的FastaStats功能生成染色体长度文件，这是绘制Circos图的基础。构建基因组骨架：在TBtools中，利用“AdvancedCircos”模块输入Chr长度文件，构建基因组的基本骨架。
3、使用TBtools绘制Circos图的步骤如下：准备染色体骨架数据：必要信息：包括染色体ID、长度以及可选的RGB颜色。工具推荐：可以使用FastaTools从基因组序列文件中提取染色体长度信息。加载或生成基因组骨架：在TBtools的用户界面中，选择加载预设的Circos项目或直接生成基因组骨架。
【手把手教你】Cytoscape—基因互作网络图的保姆级讲解
首先，确保你已下载并安装了Cytoscape。从“File”菜单导入STRING互作分析结果数据，如“string_interactions_short.tsv”，数据包含节点1和节点2的互作关系及分数。通过“Import”-“Network from File”进行导入，选择合适的节点后进行网络化分析。
导出TSV文件：在STRING网站中导出优化后的PPI数据为TSV文件。导入Cytoscape：将TSV文件导入Cytoscape软件中，数据导入后的图形会更加精简且易于分析。
首先，需在Cytoscape中打开已构建的蛋白互作网络图。接着，通过MCODE插件进行子网络分析，选择整个网络进行分析，点击Analyze Current Network开始。分析结果允许查看选中子网络在整个网络中的位置，通过Export table to File导出节点信息以进行后续功能分析。
STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)
1、使用STRING网站和Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图的步骤如下：STRING网站操作：登录STRING官网：访问stringdb.org，界面直观易用。输入蛋白信息：在左侧选择输入选项，通常选择“Multiple PROteins”以处理多个蛋白数据。在蛋白输入框中输入基因名，并指定物种为“Homo sAPIens”。
2、在生物信息学研究中，STRING网站和Cytoscape软件是构建精美蛋白互作网络图（PPI）的强大组合。首先，登录STRING官网（string-db.org），界面直观易用，左侧列出了输入选项，右侧是蛋白输入框，通常选择“Multiple proteins”处理多个蛋白数据。
3、Cytoscape是一款功能强大的网络图绘制软件，支持多种格式导入。导入tsv文件后，获得初步网络图，可能复杂且丑陋。Cytoscape的NetworkAnalyzer插件可对网络进行美化。在CytoscapeV7版本中，通过Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from Statistics快速美化网络。
4、运用STRING创建蛋白互作网络（PPI）访问STRING数据库，链接：string-db.org/。使用R语言包clusterProfiler中的示例基因列表，获取gene symbol的代码。将gene symbol上传至STRING网站，获取结果。目前，我需要编辑该图像，因此下载了文件。通常，该文件可以导入至Cytoscape软件进行可视化。
5、本文将指导你如何利用STRING蛋白互作数据库和Cytoscape软件实现这一过程。STRING是最全面的蛋白互作数据库，Cytoscape是强大的网络图绘制工具。具体步骤如下： 安装Cytoscape并安装StringAPP插件，用于获取和整合互作数据。
6、在Cytoscape中，用户可以导入先前从STRING数据库导出的数据，构建PPI网络。网络中，节点代表蛋白质，边表示它们之间的互作关系。Cytoscape允许用户自定义网络的外观，包括调整节点和边的大小，以反映互作强度。默认情况下，边的粗细由互作支持度（combined_score）决定，这通常用来表示互作的可靠性。
生信工具教程|如何绘制有向调控网络图?
1、进入工具，选择“有向网络图”。 准备边界文件，包括调控基因、调控关系和靶基因三列信息。 提交任务，查看结果。 调整网络图样式，包括结点样式、边界样式和全局样式。 保存结果，选择png或svg格式。通过以上步骤，您就可以绘制出有向调控网络图了。
2、热图+点棒图：结合点棒图，可以在热图基础上进一步展示特定数据点的详细信息。网络热图：热图与网络图的结合，用于展示组学间的相关性结果，帮助用户理解复杂数据间的关系。热图circos图：将热图与circos图结合，能够直观展示表格数据间的正负相关性，适用于展示环形数据关系。
3、交互式应用程序：Plotly Dash支持创建交互式应用程序，用户可以通过界面与数据进行实时交互。物种搜索功能：它可以通过accession number或拉丁名搜索物种，虽然搜索功能相对基础，但已经足够显示差异。文本上传与交互式作图：用户可以直接上传格式文本进行交互式作图，无需安装额外软件。
4、简介：韦恩图绘制工具。特点：在线工具，支持直观比较和展示数据集之间的交集和差异，便于数据分析和结果展示。这些工具各具特色，覆盖了科研绘图的多个方面，建议根据具体研究需求和自己的熟悉程度来选择。
5、Weblogo 3 （ webLOGO.threeplusone.COM...）WebLogo工具专门用于创建序列标识图（Sequence logo），这种图基于多序列比对，直观展示序列的保守性。只需要将数据上传到网站，选择参数后点击生成，即可获得美观的序列标识图。
